中国公共财政与政策研究院党总支成立于2009年7月，当时有4个学生党支部，有三个研究生党支部和一个本科生党支部，学生党员总数为71人，教工党员3人，党总支共有党员74名。至今，仍有研究生三个党支部，本科生有3个党支部，新成立教工党员党支部共有7个党支部，党员人数97名。当年的博士生党员在相应年级研究生支部参加活动。

党总支成立近四年来，一直宣传执行党的路线方针政策及学校的各项决定，加强党组织的思想建设、组织建设、作风建设，指导建设和反腐倡廉建设，指导党支部开展工作。

党支部开展多种多样学生党员学习、教育、参观等实践教育活动。每学年举办党员与积极分子结成小组，在党员的指导下共同学习；建立开展“创先争优”活动长效机制；开展“红色1+1”活动，带领党员走向农村、社区、部队等基层党支部共建；参观国家博物馆、中国抗日战争胜利纪念馆、参观科技博览会、参观“科学发展成就辉煌”大型展览，观看大型历史纪录片《信仰》等。